Nach eingehender Prüfung wurde im Jahr 1993 entschieden, Mittel und Verfahren zur Desinfektion bei anzeigepflichtigen Tierseuchen nicht in Form einer Verordnung, sondern in Form einer Richtlinie zu erarbeiten, nach der die zuständige Behörde die in den jeweiligen Bekämpfungsverordnungen enthaltenen Vorschriften zur Desinfektion im Einzelnen anweisen kann.

Das Friedrich-Loeffler-Institut, Bundesforschungsinstitut für Tiergesundheit (FLI), hat mit einem Expertengremium die Richtlinie aus dem Jahr 1997 überarbeitet, die im Februar 2007 den zuständigen Behörden an die Hand gegeben werden konnte. Desinfektionsmaßnahmen beim Auftreten einer Tierseuche dienen der Abwehr einer akuten Gefahr.

Die Auswahl der Desinfektionsmittel und -maßnahmen hat unter dem Aspekt einer effektiven Dekontamination und Verhinderung der Weiterverbreitung des betreffenden Erregers sowie unter Beachtung der Biozid-Verordnung (EU) 528/​2012 des Europäischen Parlaments und des Rates vom 22. Mai 2012 über die Bereitstellung auf dem Markt und die Verwendung von Biozidprodukten (ABl. L 167 vom 27.6.2012, S. 1) zu erfolgen.

Seit dem 21. April 2021 ist das EU-Tiergesundheitsrecht anzuwenden (Verordnung (EU) 2016/​429 des Europäischen Parlaments und des Rates vom 9. März 2016 zu Tierseuchen und zur Änderung und Aufhebung einiger Rechtsakte im Bereich Tiergesundheit (ABl. L 84 vom 31.3.2016, S. 1)) sowie davon abgeleitete delegierte Rechtsakte und Durchführungsrechtsakte. Nach Artikel 61 Buchstabe f der Verordnung (EU) 2016/​429 ergreift die zuständige Behörde bestimmte Seuchenbekämpfungsmaßnahmen, unter anderem zur Reinigung, Desinfektion, Bekämpfung von Insekten und Nagern oder sonstige notwendige Maßnahmen zum Schutz vor biologischen Gefahren, die auf den betreffenden Betrieb, das betroffene Lebensmittel- oder Futtermittelunternehmen, den betreffenden Betrieb für tierische Nebenprodukte oder sonstige betroffene Orte anzuwenden sind, um das Risiko der Ausbreitung der gelisteten Seuche auf ein Minimum zu beschränken.

Die oben erwähnte Richtlinie gibt nunmehr den zuständigen Behörden ein Instrumentarium an die Hand, um den Artikel 61 Buchstabe f der Verordnung (EU) 2016/​429 fachlich effektiv anwenden zu können. Es handelt sich hierbei um eine Handreichung des Bundesministeriums für Ernährung und Landwirtschaft für eine möglichst einheitliche Anwendung des Artikels 61 Buchstabe f der Verordnung (EU) 2016/​429.

Die letzte Überarbeitung der Richtlinie erfolgte im November 2009 (Abschnitt II „Entwesung“). Das FLI wurde gebeten, die Richtlinie unter Mitarbeit eines externen Expertengremiums erneut zu überarbeiten und dabei den aktuellen Stand von Wissenschaft und Forschung zu berücksichtigen. Die überarbeitet Richtlinie ist abrufbar unter https:/​/​desinfektions-rl.fli.de/​de/​home.