Ein umfangreiches Projekt, das von sieben Institutionen aus der Schweiz, Deutschland und Österreich durchgeführt wurde, zeigt, dass der Bodensee stark von Veränderungen der Nährstoffe, eingeschleppten Tier- und Pflanzenarten sowie dem Klimawandel beeinflusst wird. Der derzeitige Wandel hat tiefgreifende Auswirkungen auf das komplexe Ökosystem des Sees und die Menschen, die das Gewässer nutzen. Das Schweizer Wasserforschungsinstitut Eawag leitete das fünfeinhalbjährige Projekt „Seewandel: Leben im Bodensee – gestern, heute und morgen“, bei dem festgestellt wurde, dass invasive Arten wie die Quaggamuschel und der Stichling dem See besonders zusetzen. Die Quaggamuschel, die ursprünglich aus dem Schwarzmeerraum stammt, war zu Beginn des Projekts nur vereinzelt vorhanden, hat aber mittlerweile den See bis in große Tiefen besiedelt. Der Stichling macht laut Eawag bis zu 90 Prozent der Fischindividuen im Bodensee aus, und die Forschenden des Projekts zeigen, dass der Erfolg dieser Fischart im Bodensee auf ihren speziellen Genpool zurückzuführen ist.

Der Bestand an Felchen gilt in Vorarlberg als besonders großes Problem, da er in den letzten 15 Jahren von 120 auf rund 40 Berufsfischer zurückgegangen ist. Die Fangerträge der Vorarlberger Berufsfischer wurden durch den Stichling und die Quaggamuschel stark reduziert, wobei der Ertrag in den letzten zehn Jahren um mehr als die Hälfte gesunken ist. Bei den Blaualgen hingegen gab es positive Ergebnisse. Trotz der erhöhten Wassertemperaturen aufgrund des Klimawandels hat es im Bodensee bisher keine massenhaften Blaualgenplagen gegeben, wie sie im benachbarten Zürichsee auftreten. Zudem konnten die Forschenden dank entsprechender Maßnahmen die Überdüngung des Sees stoppen, und es dominieren nun wieder Arten, die an Bedingungen mit geringem Nährstoffgehalt angepasst sind.

Projektleiter Piet Spaak von der Eawag befürchtet jedoch, dass diese Erholung nur vorübergehend sein wird. Er geht davon aus, dass das Ökosystem des Bodensees in Zukunft aufgrund des Klimawandels und invasiver Arten wie der Quaggamuschel und dem Stichling stärkere Veränderungen erfahren wird als in den letzten Jahrzehnten.